自分が管理していないサイトを突然「更新してくれ！」と言われ、確認するとprototypeが使用されておりました。
私は基本的にJavaScriptライブラリはjQueryを使用するので、少々戸惑いましたが、競合（コンフリクト）を防ぐ方法がありましたのでそちらを試しました。
prototypeを使用しているところをjQueryで作り変えようかとも考えましたが、面倒なことにならなくてよかったです。
jQueryとprototype共存させる為にする事
step1 jQueryよりprototypeを読み込ませる
prototype.jsを読み込んだ後にprototype.jsを使用するプラグインを記述
step2 jQueryを読み込ませる
step3 jQueryの次に下記記載のjavascriptを記述
を読み込ませた後にjQueryを使用するプラグインを記述
注：jQueryプラグインを読み込ませる前に以下の作業を行ってください
$() となっている部分を jq$() に置換してください。
置換した後のjquery.droppy.jsのファイルです。
なんだかんだ言っても管理が面倒くさくなるので、jQueryとprototypeを共存は避けたいですね。